反复自然流产的病因十分复杂，除染色体异常、内分泌失调、生殖系统结构畸形和感染以外，约有60%～70%患者原因不明。

近来研究认为，免疫因素也是一类重要原因，在原因不明的患者中，约有30%的患者与自身抗体产生有关，即可能为自身免疫病，称为自身免疫性反复自然流产。

另外，约70%的患者可能与对胎儿父系抗原低反应性有关，称为同种免疫性反复自然流产。近年，医学界对反复自然流产免疫学因素的研究工作取得了较大进展。

胚胎可看作是具有父方50%遗传物质的同种自然移植物，具有同种异体移植及自体移植的双重特性。胎儿及其附属物不被母体排斥并可在子宫内发育成熟，母体必须形成免疫耐受。

正常妊娠期，母体免疫功能发生变化，形成主要由特异性免疫抑制物（封闭抗体、抑制性T细胞）与非特异性因子（雌孕激素、人绒毛膜促性腺激素、人胎盘催乳素、促合成代谢因子、妊娠相关血浆蛋白等）共同组成的免疫维持系统。各种免疫学因素通过有机协调参与维持妊娠。若母体免疫平衡失调，排斥作用增强，则可能引起流产。