子宫内膜异位症的临床表现有时与病变程度很不相符，临床表现很严重的患者，其病变可能是轻度的或局限的，而病变广泛甚至盆腔解剖结构严重变形的患者，其临床表现却很少。

子宫内膜异位治疗前尽可能明确诊断，并考虑患者年龄，对生育要求、病情严重程度、症状及病灶范围，加以全面考虑。

三苯氧胺（Tamoxifen，TMX）：为双苯乙烯衍生物。剂量为10mg×2/d，月经第五天开始，20天为1疗程。

合成孕激素：可用炔异诺酮、炔诺酮或甲孕酮（安宫黄体酮）等作周期性治疗，使异位内膜退化。从月经周期第六天开始至第二十五天，每日口服上述一种药物5～10mg。疗程视治疗效果而定，此法可抑制排卵。因此，对希望生育者，可从月经周期第十六天开始到第二十五天，每日应用炔异诺酮或炔诺酮10mg。

这样既可控制子宫内膜异位症，又不致于影响排卵。部分病例在治疗期有较重的副作用，如恶心、呕吐、头痛发胀、子宫绞痛、乳房疼痛以及由于水分潴留及食欲改善而体重过度增加等，给予镇静剂、止吐剂、利尿药及低盐饮食可以减轻。

睾丸素：对本症也有一定疗效。应用剂量应随病人之耐受量而定。最好开始剂量为10mg，每日2次，于月经周期后2周开始口服。这种剂量很少影响月经周期及发生男性化副作用。但要达到止痛目的常需持续服用几个周期。此后可减低剂量再维持治疗一个时期后，停药观察。如能妊娠，则本病即能治愈。

外敷法：血瘀的形成多由肝郁气滞、脾虚气弱或肝肾两亏所致，亦可由外邪寒、湿、火三气或凝滞引起。中医古方桂苓宫膜贴作为治疗子宫内膜异位症的传统黑膏药，针对淤血导致痛经的病理，可疏肝活血、祛瘀止痛，以生姜擦拭皮肤后，一贴敷于神阙穴（肚脐）、一贴敷于后腰命门穴。