子宫内膜异位症发生于其它特殊部位时，可出现许多其它令人迷惑的临床表现。而大多数子宫内膜异位症患者的主要症状是继发性痛经，伴下腹部和背部进行性疼痛，常可放射至腿部。疼痛常于月经前1-2天开始。相当于异位子宫内膜出血时，月经开始达到最高峰。大多数患者在行经期疼痛可缓解。但在晚期患者中，尤其是当盆腔有广泛和显著粘连时疼痛可持续存在。

典型的继发痛经患者年龄多在30-45岁之间。有的子宫内膜异位病灶导致子宫后倾。固定的患者常有性感不快、性交痛，甚至性交困难，约三分之一原因不明的不孕与子宫内膜异位症有关。子宫内膜异位症患者的不孕率可高达40%。重度子宫内膜异位患者不孕的原因可能与解剖结构的改变有关。轻度子宫内膜异位症患者不孕的原因决非单纯解剖因素所致，现多认为与腹腔内微环境因素、卵巢功能异常等有关。

卵巢癌误诊为卵巢的子宫内膜异位症，则延误治疗，故必须慎重。卵巢癌不一定有腹痛症状，如有往往也为持续性，不像子宫内膜异位症的周期性腹痛。检查时卵巢癌为实质感，表面凹凸不平，体积亦较大。卵巢的子宫内膜异位症还可能伴发其他部位的子宫内膜异位症，而兼有各该部位病变的体征。对于不能鉴别的患者，年龄大的应实行剖腹探查，年纪轻的可短时按子宫内膜异位症治疗，以观察疗效。