约70%的子宫内膜异位症患者有典型的继发痛经、性交不快或性交痛、不育及月经改变。当子宫内膜异位症发生于其它特殊部位时，可出现许多其它令人迷惑的临床表现。而大多数子宫内膜异位症患者的主要症状是继发性痛经，伴下腹部和背部进行性疼痛，常可放射至腿部。疼痛常于月经前1-2天开始。

子宫内膜异位症患者的不孕率可高达40%。重度子宫内膜异位患者不孕的原因可能与解剖结构的改变有关。轻度子宫内膜异位症患者不孕的原因决非单纯解剖因素所致，现多认为与腹腔内微环境因素、卵巢功能异常等有关。

卵巢的子宫内膜异位症，往往误诊为附件炎症。二者都能在盆腔形成有压痛的固着包块。但子宫内膜异位症病人无急性感染病史，患者多经各种抗炎治疗而毫无效果。并应详细询问痛经开始时期及疼痛程度。这种病例往往子宫直肠窝处有异位内膜结节，如仔细检查当可查出，有助诊断。必要时可用药物试探治疗，观察有无疗效来鉴别。一般在卵巢的子宫内膜异位症，输卵管往往通畅。因此可试用输卵管通水试验，如通畅，则可排除输卵管炎症。