不论子宫内膜异位来源如何，其生长均与卵巢内分泌有关，临床资料可以说明，如此症多半发生在生育期妇女(30～50岁占80%以上)，且常并发有卵巢功能失调。切除卵巢后，则异位内膜萎缩。异位子宫内膜的生长主要依靠雌激素，妊娠期孕激素分泌较多，异位内膜即受到抑制。长期口服合成孕激素如炔异诺酮，造成假孕，亦可使异位内膜萎缩。

腹壁疤痕及脐部的子宫内膜异位症则出现周期性局部肿块及疼痛。

有人报道，490例不孕症腹腔镜检查中，229例为不同期别的子宫内膜异位症。输卵管双侧通畅的为50例（21.8%），一侧通畅，另一侧欠通畅或阻塞者为73例（31.7%），双侧欠通或一侧欠通、一侧阻塞者为72例（31.3%），双侧不通者49例（21.3%）。双侧输卵管不通肯定不能自然致孕，占内异症不孕的1/5；双侧或一侧通而不畅者占1/3弱；1/5双侧皆通或一侧通占到1/3弱。

输卵管阻塞或通而不畅者，以及伞端周围有粘连，皆影响卵细胞进入输卵管内。但一侧通畅输卵管，甚至两侧都通者，也发生不孕。

此外，卵巢受异位子宫内膜破坏也影响卵细胞发育或排卵及黄体功能不健。上述变化容易解释不孕机制。内异症患者自身免疫反应也对精子和受精卵不利。

内异症患者流产率也较高。据Jones及Jones和Naples等报道，内异症受孕者流产率可同达44～47%。Naples还报道，内异症患者经手术治疗后，流产率下降到8%。