反复自然流产的病因十分复杂，除染色体异常、内分泌失调、生殖系统结构畸形和感染以外，约有60%～70%患者原因不明。

近来研究认为，免疫因素也是一类重要原因，在原因不明的患者中，约有30%的患者与自身抗体产生有关，即可能为自身免疫病，称为自身免疫性反复自然流产.另外，约70%的患者可能与对胎儿父系抗原低反应性有关，称为同种免疫性反复自然流产。近年，医学界对反复自然流产免疫学因素的研究工作取得了较大进展。

胚胎可看作是具有父方50%遗传物质的同种自然移植物，具有同种异体移植及自体移植的双重特性。胎儿及其附属物不被母体排斥并可在子宫内发育成熟，母体必须形成免疫耐受。正常妊娠期，母体免疫功能发生变化，形成主要由特异性免疫抑制物(封闭抗体、抑制性T细胞)与非特异性因子(雌孕激素、人绒毛膜促性腺激素、人胎盘催乳素、促合成代谢因子、妊娠相关血浆蛋白等)共同组成的免疫维持系统。各种免疫学因素通过有机协调参与维持妊娠。若母体免疫平衡失调，排斥作用增强，则可能引起流产。

近期的研究证实，人类成功妊娠的母体内存在封闭抗体，而反复自然流产患者体内则缺乏此抗体。对于不能产生足够封闭抗体的流产患者，应用供者白细胞或配偶白细胞免疫，能成功地诱导出封闭抗体，且再次妊娠成功率达80%左右。

许多事实表明，封闭抗体是人类成功妊娠不可缺少的重要前提，且自始至终参与妊娠中母——胎免疫调节机制。夫妇间组织相容性白细胞抗原相似性大，导致母体对胚胎的父系抗原免疫识别功能不全，可能是反复自然流产的原因之一。有研究发现，反复自然流产夫妇共有组织相容性白细胞抗原DR的几率显著高于正常生育夫妇，共有组织相容性白细胞抗原A、组织相容性白细胞抗原B的几率也显著高于正常生育夫妇。