人们经过长期的研究发现，血清中某些自身抗体阳性率增高，是反复自然流产妇女常见的免疫学异常，主要与抗卵磷脂抗体，抗甲状腺抗体等有密切关。抗卵磷脂抗体是针对各种带阴性电荷磷脂抗原的多种抗体的总称。

在临床和研究上最重要的两种是狼疮抗凝物和抗心卵磷脂抗体，并把后者作为抗磷脂抗体的代称。

有研究表明，在50%～60%的反复自然流产患者中，常可见到抗卵磷脂抗体，而在正常人群中其发生率仅占4%。国外有专家认为，抗卵磷脂抗体不是作用于妊娠早期导致流产，而仅仅是作用于妊娠中期、晚期，使胎儿死亡。

因此，抗卵磷脂抗体可能是中晚期流产的因素，如在晚期流产的患者中，应用针性治疗药物激素或抗凝剂治疗效果很显著，妊娠成功率是70%；而发生早期流产的患者则治疗效果不明显，妊娠成功率仅为35%。

研究者通过检查抗卵磷脂抗体阳性反复自然流产患者的胎盘发现，其胎盘存在大面积的坏死，推测抗卵磷脂抗体导致反复自然流产发生的明显机制可能是干扰胎盘合体滋养层形成，可通过阻碍前列腺环素的产生等途径，导致胎盘内血小板凝聚、血栓形成及胎盘栓塞，而导致流产。

因此，已有学者认为育龄妇女体内抗卵磷脂抗体异常被认为是生殖障碍的危险标志。近年来，还有一些研究结果表明，反复自然流产与抗甲状腺抗体有关。国外有研究者发现，在反复自然流产的妇女中，抗甲状腺抗体的产生率较非器官特异性自身抗体高，抗甲状腺抗体阳性者再次妊娠流产的危险性较阴性者也明显增高。

国外还有研究者报道，反复自然流产的妇女抗甲状腺抗体阳性率明显高于正常对照组，但与经历生殖辅助技术的妇女并无差异，因此认为抗甲状腺抗体可能是自身免疫激活的标志，与发生流产及产后甲状腺疾病的危险性增加相关。

此外，国外研究者证实，抗甲状腺抗体除与反复自然流产有关外，还与死胎及先兆子痫有关。但是，另有研究者则发现，在反复自然流产的妇女血中，抗甲状腺抗体并不比对照组高，因此认为它不增加流产危险，推测其可能只是一种自身免疫疾病的继发标志，而非流产的真正原因。